Eine Krypta ist eine unter dem Chor (Apsis) oder unterhalb des Altares christlicher Kirchen vorhandene, begehbare Grabstätte. Das Wort Krypta geht auf die griechische Sprache zurück und bezeichnet etwas "Verborgenes". Auch das deutsche Wort "Gruft" leitet sich davon ab.

In der Krypta befanden sich anfänglich entweder das Grab oder die Reliquie  eines Märtyrers, was neben der religiösen Bedeutung vor allem im Mittelalter Pilger anziehen sollte.

Als Vorläufer der Krypta (gr. κρύπτος: ‚verborgen‘, ‚geheim‘) gelten die frühchristlichen, unterirdischen Grabanlagen vor den Mauern des antiken Roms. Über einigen dieser Gräber wurden später Kirchen errichtet, wie z. B. Alt-St. Peter in Rom, das auf dem Grab des Jüngers Petrus erbaut worden sein soll. Das Grab befindet sich in den meisten Fällen unter der Apsis, in der Romanik manchmal unter dem Westchor.

Die ersten Krypten wurden in Stollen angelegt, weshalb sie „Stollenkrypta“ genannt werden. Um Nähe zum Grab zu erzeugen, ließ man den Stollen der Apsis folgen, wodurch ein Umgang um das Grab entstand. Diese Form wird „Ringkrypta“ genannt. Die erste Ringkrypta findet man in Alt-St. Peter um 590. Als Anbau zur Ringkrypta entstand die Außenkrypta, in der sich vor allem geistliche Würdenträger bestatten ließen, was Altäre für Gedenkgottesdienste nötig machte. Die erste Außenkrypta findet man in Brixworth, England, sie wurde im frühen 8. Jahrhundert errichtet. Die Blütezeit der Krypta als Bauform war die Romanik, in der Form der Hallenkrypta, die sich aus der Ringkrypta mit Außenkrypta entwickelte.

Die Hallenkrypta ist mehrschiffig und erstreckt sich oft bis unter das Querschiff der Kirche. Ihre Höhe machte es nötig, den Chor anzuheben. Die Hallenkrypta des Speyerer Doms ist z. B. sieben Meter hoch und besitzt sieben Altarnischen, wodurch eine „Unterkirche“ entstand. In Hallenkrypten wurden auch weltliche Würdenträger begraben. Mit dem Aufkommen der Gotik verschwand die Krypta, da nun Märtyrer und deren Reliquien in Umgangschören offen zur Schau gestellt wurden.