Zur Ausweitung Ihrer Handelsaktivitäten zog es griechische Siedler aus Milet in viele neue Regionen, so auch in die antike Landschaft Mysien, was dem modernen Balız bei Erdek in der Provinz Balıkesir entspricht.

Auf ihrer Reise entlang der Südküste des Marmarameeres fand eine Gruppe der Siedler im Jahr 756 vor Christus auf der Halbinsel Arktonnesos so ideale Bedingungen vor, das sie beschlossen, zu bleiben. Sie errichteten ihre Stadt direkt auf dem Isthmos, der engsten Stelle zwischen dem Festland und der Halbinsel, so das sie beide Buchten als Hafen nutzen konnten.

Der zunehmende Handel auch mit den weit entfernt liegenden Kolonien der griechischen Siedler lies schnell einen gewissen Wohlstand zu, so das die Stadt prächtig ausgebaut wurde. Schon im 5. Jahrhundert vor Christus hatte sich Kyzikos zu einer bedeutenden Stadt im thrakischen Seehandel entwickelt, der auch bis zur Krim im Schwarzen Meer reichte. Kyzikos prägte im 6. – 4. Jahrhundert vor Christus eine eigene Münze, die sogenannte Elektron-Münze, die im internationalen Handel der damaligen Zeit eine wesentliche Währungseinheit darstellte. Zunächst unter der Macht der Perser, wurde Kyzikos von Tyrannen beherrscht, was sich mit dem Beitritt zum Attisch-Delischen Seebund und später dem 2. Attischen Bund grundlegend änderte.

Zweimal in der Geschichte der Stadt Kyzikos fanden hier Ereignisse statt wodurch der Name Kyzikos in die Analen der Geschichte einging:

Im 4. Jahrhundert vor Christus gab es ständige Konflikte zwischen den Stadtstaaten Athen und Sparta um die Führungsposition auf See und an Land. Eine besondere Rolle fiel dabei dem strategischen Berater, Befehlshaber und Politiker Alkibiades zu, der zunächst für Athen, dann für die Spartaner und zuletzt wiederum für Athen ein Wechselspiel der Unterstützung zu seinen Gunsten betrieb. Er erkannte die Gunst der Stunde als die Spartanische Flotte in Kyzikos ankerte und konnte diese Flotte, die unter der Führung Mindaros stand, durch eine List vollständig aufreiben, indem er einen kleinen Teil seiner Athenischen Flotte die Küste entlang am Hafen von Kyzikos vorbei segeln lies, was von den Spartanern als Chance zur Vernichtung der Athener Flotte angesehen wurde.

Kaum zur Verfolgung aus dem Hafen ausgelaufen, schickte Alkibiades den weit überlegenen zweiten Flottenverband den Spartanern hinterher, woraufhin der erste Teil der Athener Flotte wendete und den Spartanern jetzt entgegensegelte. So von der Rückkehr in den sicheren Hafen zu weiteren, an Land stationierten Verbänden abgetrennt, blieb den Spartanern nur die Flucht an das Ufer in Richtung Süden, wo wiederum Landtruppen Alkibiades bereits auf sie warteten. Die Spartaner verloren ihre gesamte Flotte. Diese Seeschlacht im Jahr 410 vor Christus war einer der Gründe, warum in der Folge Kyzikos auch militärisch befestigt wurde.

Vesper von Ephesos - Mithridates

Etwa 300 Jahre später kam es zur Belagerung der Stadt durch den Pontischen König Mithridates VI, der aufgrund seiner Expansionspolitik gegen Rom gezogen war. Seine Belagerung von Kyzikos im Jahr 74 vor Christus blieb trotz erheblicher Gräueltaten Mithridates (er hat die sogenannte „Vesper von Ephesos“ zu verantworten, bei der zu einer vorbestimmten Zeit etwa 80.000 Römer und Italiker ermordet wurden) jedoch erfolglos, so das die Römer die Oberhand zurück gewinnen konnten. 

Wie viele Seehandelsstädte der damaligen Zeit wechselte die Herrschaft über die Stadt häufig. War Kyzikos zunächst dem Reich der Seleukiden zugeordnet, wurden in der Folgezeit freundschaftliche Bande mit den Attaliden geknüpft. Nach dem Verlust ihrer Stadtrechte unter Augustus wurde in der Folge unter Tiberius die Stadt Kyzikos endgültig in die römische Provinz Asia eingegliedert.

Arabische Eroberer kommen nach Kyzikos

Im Jahr 670 nach Christus wurde Kyzikos von den Arabern erobert, die im Zuge der islamischen Expansion auf dem Weg nach Istanbul hier eine Flottenbasis unterhielten. Von hier starteten die Flottenverbände, die in den Jahren 674 – 678 zur Belagerung Istanbuls geschickt wurden.

Bereits zu Zeiten der Kaiser Hadrian, Antoninus Pius und Justinian I wurden heftige Erdbeben in der Region aufgezeichnet, die zu Schäden in der Stadt geführt hatten. Das schwerste Erdbeben von 675 sorgte dann für so große Zerstörung, das zunächst auf den Wiederaufbau verzichtet wurde, da die Bewohner die Stadt mehr oder weniger aufgegeben hatten. Unter Kaiser Justinian II versuchte man eine byzantinische Neubesiedlung von Kyzikos zu erreichen, indem Zwangsumsiedlungen von Zyprioten im Jahr 690 vorangetrieben wurde. Die Neusiedler gründeten zwar eine neue Stadt mit Namen Nea Justinianopolis jedoch kehrten viele von ihnen nach Zypern zurück nachdem es einige Schiffsunglücke schon während der Anreise gegeben hatte. Viele Zyprioten flohen zu der Zeit nach Syrien, da sie nicht zwangsumgesiedelt werden wollten.

Ein weiteres großes Erdbeben im Jahr 1063 setzte der Stadt dann endgültig ein Ende, denn die Zerstörungen waren so erheblich, das ein Wiederaufbau nicht zu leisten war. Das Ende einer einst blühenden Handelsstadt war endgültig gekommen.

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