Die christliche Besiedlung der Region Kappadokien setzte im ersten nachchristlichen Jahrhundert zunächst durch Einsiedler ein, die sich aus der bereits christianisierten Gegend um Caesarea / Kayseri aber auch vor den Römern fliehenden Christen aus den Küstenregionen in die Einsamkeit der Tufflandschaft zurückzogen.

Sie ließen sich entweder in vorhandenen Höhlen nieder oder gruben sich eigene Behausungen in den Felsen. Da sie eher die Einsamkeit als Schutz vor Feinden suchten, blieben sie mit ihren Räumen weitgehend an der Erdoberfläche. Als sich im vierten Jahrhundert die christliche Kirche unter den Kirchenvätern Basilius von Caesarea, Gregor von Nyssa und Gregor von Nazianz neu ordnete, folgten ihnen im Laufe der nächsten Jahrhunderte immer größere christliche Gruppen, die sich hier ansiedelten und klösterliche Gemeinschaften bildeten und dementsprechend mehr und größere Wohn- und Kirchenräume brauchten. Nachdem im vierten Jahrhundert die Isaurier, im fünften Jahrhundert die Hunnen und schließlich im sechsten Jahrhundert persische Gruppen in Kappadokien einfielen und letztere 605 Caesarea eroberten, begann die intensive Erstellung von Höhlenbauten und ganzen Städten, die sowohl unter- als auch oberirdisch angelegt wurden. Jetzt entstanden die Bauwerke hauptsächlich unter Sicherheits- und Verteidigungsaspekten. 

Nachdem ab 642 verstärkt Araber in die Region eindrangen, gewannen diese Aspekte mehr und mehr an Bedeutung, so dass drei Jahrhunderte lang christliche Gemeinden hier vor allem versteckt und gegen Angreifer abgesichert lebten. Unter der darauf folgenden Periode byzantinischer Herrschaft erlebte das Christentum und damit die christliche Architektur in Kappadokien ihre Blütezeit. Bis zum elften Jahrhundert wurden etwa 3000 Kirchen aus dem Tuffgestein ausgeformt.

Nachdem in der Schlacht von Manzikert 1071 der Seldschuken-Sultan Alp Arslan den byzantinischen Kaiser Romanos IV. besiegte und damit das Ende des byzantinischen Reichs und den Beginn seldschukischer Vorherrschaft in Anatolien einleitete, bedeutete das, trotz der religiösen Toleranz der Seldschuken, den Anfang des Niedergangs des Christentums in Kappadokien und damit den langsamen Verfall der kirchlichen Architektur. Die vorhandenen Klosterräume wurden nach der schrittweisen Abwanderung der christlichen Bewohner von türkischen Bauern übernommen, die sie ihren Bedürfnissen entsprechend umbauten. Da Tarnung und Verteidigung nicht mehr notwendig waren, wurden vor die ehemals versteckten, unauffälligen Höhlen Fassaden und Häuser gebaut, die die unterirdischen Räume mit einbezogen. 

Die Höhlenräume wurden von den türkischen Bewohnern, auch wegen der gleichbleibend angenehmen Temperaturen, bis ins 20. Jahrhundert weiter genutzt. Noch 1838 brachten sich die Einwohner vor den ägyptischen Truppen in den unterirdischen Städten in Sicherheit. Die letzten verbliebenen Christen verließen das Gebiet 1923 im Rahmen des griechisch-türkischen Bevölkerungsaustausches, die letzten türkischen Bewohner zogen in den 1950er-Jahren aus der Höhlensiedlung Zelve aus, nachdem Erdbeben immer mehr Schäden angerichtet hatten und die Nutzung dadurch immer gefährlicher wurde. Bis heute werden aber, z. B. in Uçhisar, in Ortahisar oder im Soğanlı-Tal, einzelne Höhlen, die meist in Verbindung mit vor- oder angebauten Häusern stehen, zumindest im Sommer wegen der angenehmen Temperaturen noch als Wohnräume genutzt.